Il Consiglio di Dipartimento è composto dal Direttore, che lo convoca e lo presiede, dai professori, dai ricercatori di ruolo e dai ricercatori a tempo determinato afferenti al Dipartimento. Il Consiglio è l'organo al quale sono affidate l'attività di sviluppo e di programmazione del Dipartimento e la scelta dei relativi criteri di attuazione. 

Il Consiglio di Dipartimento propone iniziative connesse allo sviluppo della ricerca ed all’acquisizione dei relativi finanziamenti. Propone la chiamata di Professori e Ricercatori. Elegge la Giunta di Dipartimento, i rappresentanti dei docenti presso le Scuole di Medicina e Chirurgia, Farmacia e Nutraceutica e può costituire commissioni con eventuale delega per specifiche funzioni. 

Propone l'attivazione dei dottorati di ricerca e l'adesione a consorzi di dottorati; assicura l’applicazione del regolamento in merito al conferimento di assegni di ricerca; dispone l’utilizzo delle risorse materiali di sua pertinenza; delibera sui contratti e sulle convenzioni di ricerca e di consulenza; delibera sulle proposte della Giunta di Dipartimento; autorizza il Direttore del Dipartimento alla stipula di Contratti e Convenzioni con Enti pubblici e soggetti privati nell’ambito dei propri fondi e delle risorse umane e strumentali di pertinenza.